Чтобы сделать значок прозрачным нужно использовать Stipple - черно-белый растр. Тогда маркеру можно присвоить цвет - то что было чёрным в иконке будет менять цвет, то что было белым - будет прозрачным.
aStipple = Stipple.Make (Icon.Make ("c:\temp\my.bmp").AsFileName)
aBasicMarker = BasicMarker.Make
aBasicMarker.SetStyle(#BASICMARKER_STYLE_OPAQUESTIPPLE)
aBasicMarker.SetStipple (aStipple)