Если говорить о том, что лучше, то можно упомянуть micromine, еще есть программа, не помню название... У меня ситуация обратная... было трехмерное моделирование, формальные выкладки и много ручной работы. Суть проста... строим разрезы, пусть это будут разные виды, рассчитываем параметры, строим блоки, рассчитываем их параметры, по известным координатам моделируем месторождение... Все просто, нужно оформить программно, но боюсь чего-нибудь упустить...