Возможно, дело в том, что шейп-файл "понимает" координаты до четвертого знака, хотя сам ArcView может больше. Я с такой проблемой сталкивался при создании координатной полигональной сетки - положение углов зависит от того, каким путем они нарисованы. Если они сделаны через графику, то одно, через файл dbf - другое, через ввод координат в шейп - третье. (возможно, при вводе через Автокад - четвертое, через Excel - пятое). Попробуйте, находясь в автокаде, округлить координаты до четвертого знака.
Странно, что при изготовлении шейп-файла из покрытия этот эффект возвращается. Это возможно только в том случае, если вы не делали топологично корректного покрытия, ведь при строительстве топологии именно такие ошибки должны быть устранены. Возможно, вам стоит почистить и как следует проверить топологию (ну хотя бы посчитать количество линий в покрытии, чтоб не было двойным. Это второй вариант.