От палитры вид значков не зависит. Даже если палитра будет пустой, но все шрифты имеются, отображаться все будет нормально.
По поводу подстановки. Если после того, как маркеры слетели, вы сохранили проект, обратно все само собой не вернется. Так что, совет: открыли проект, посмотрели... Если что не так - создавайте копию и с нею работайте...