Так прямо брать и использовать. Желательно при этом иметь модуль Spatial Analyst. И подключить бесплатный модуль из примеров - Hydrologic Modeling. В модель нужно добавить затор или плотину на потоке нужной высоты. И выполнить команду Fill Sinks. Разница между исходным гридом и "залитым" - это и есть зоны затопления.
