Растр, по-определению - "прямоугольная матрица".
Поэтому удалить пиксели внутри нельзя.
Но им можно присвоить значение NODATA.
И рисовать потом это значение прозрачным.
Присвоить значение NODATA ячейкам растра в ArcGIS можно несколькими способами.
Самый простой:
1. Добавляете растр в ArcMap.
2. Рисуете полигон в графическом слое, с помощью панели "Рисование".
3. Оставьте нарисованный полигон выделенным.
4. Правой кнопкой мыши щёлкните на слое с растром - Данные->Экспорт данных
5. В диалоговом окне в разделе экстент выберите "выбранной графики (вырезание)" и "удалить внутреннюю часть"
6. Нажмите сохранить и смотрите на результат.
