Это хорошо, что сервер у Вас стал понимать "кастомные" wkid :)
Но большинство приложений на портале, ни REST API, ни JS API про них ничего не знают.
При создании новой веб-карты, она сразу вставляет туда "базовую карту", которая установлена картой по-умолчанию на портале.
Как сделать другую карту по-умолчанию здесь:
https://enterprise.arcgis.com/en/portal/latest/administer/windows/configure-map.htm
Веб-карта сразу получает СК от этой базовой карты, скорее всего 3857.
Изменить эту СК через интерфейс уже не получится.
Даже если Вы в карту вставите "свой" слой и сделаете "базовым".
Потому Вы и видите попытку веб-приложения "перепроецировать" Ваш слой в WebMerkator.
С помощью WKT-строки Вы сможете "переопределить" СК, которую эта веб-карта будет использовать.
Т.е. нужно найти нужный "item" в контенте портала и поправить, его как-то так:
{
 "operationalLayers": [],
 "baseMap": {
  "baseMapLayers": [{
    "id": "BaseMap_MSK1_9413",
    "layerType": "ArcGISTiledMapServiceLayer",
    "url": "https://ваш_сервер/ваш_вебадаптор/rest/services/ваш_сервис/MapServer",
    "visibility": true,
    "opacity": 1,
    "title": "Классная карта"
   }
  ],
  "title": "Базовая карта"
 },
 "spatialReference": {
  "wkt": "PROJCS[\"Russia_Cadastre_50_1\",GEOGCS[\"GCS_Pulkovo_1995\",DATUM[\"D_Pulkovo_1995\",SPHEROID[\"Krasovsky_1940\",6378245.0,298.3]],PRIMEM[\"Greenwich\",0.0],UNIT[\"Degree\",0.0174532925199433]],PROJECTION[\"Gauss_Kruger\"],PARAMETER[\"False_Easting\",1250000.0],PARAMETER[\"False_Northing\",-5712900.566],PARAMETER[\"Central_Meridian\",35.48333333333333],PARAMETER[\"Scale_Factor\",1.0],PARAMETER[\"Latitude_Of_Origin\",0.0],UNIT[\"Meter\",1.0],AUTHORITY[\"CUSTOM\",202501]]",,
  "latestWkid": 202501
 },
 "authoringApp": "WebMapViewer",
 "authoringAppVersion": "10.7",
 "version": "2.13"
}
Можете воспользоваться вот такой штукой для редактирования:
https://github.com/Esri/ago-assistant/releases
Потом Вы можете сделать эту веб-карту, картой по-умолчанию на своём портале.
Но Вам всегда придётся помнить о том, что большинство функций на портале заточено под СК 3857 (некоторые работают с СК 4326)  и Вам придётся всегда "бороться", если вы решитесь использовать СК, отличную от 3857.