Приложения, построенные на WAB выполняют по возможности геометрические преобразования прямо в браузере, используя встроенные в jsapi/jsapi/esri/geometry/support/pe-wasm.js и jsapi/jsapi/esri/geometry/support/pe-wasm.wasm параметры.
Если там нужных параметров нет, то приложение пытается обратиться к сервису геометрии.
Сервис геометрии, по-умолчанию, берётся отсюда:
http://tasks.arcgisonline.com/ArcGIS/rest/services/Geometry/GeometryServer
WebAppBulder и WebAppVewer можно настроить на использование "своего" сервиса геометрии - см. config.json
Т.е. если Вам нужна "кастомная" СК и "трансформация", то для начала нужно, чтобы у Вас был свой сервис геометрии, который их понимает.
Для этого идёте сюда:
https://blogs.esri-cis.ru/2018/10/22/custom_projections_arcgis/
Читаете, скачиваете и устанавливаете дополнительные "СК" и трансформации.
Всё, что лежит в этом архиве - это текстовые файлы.
И при желании их можно отредактировать.
Все дополнительные сфероиды, датумы, СК и трансформации становятся "родными" для ArcGIS Server и имеют свой custom WKID, который можно потом использовать в сервисах и приложениях.