Сам факт того, что у шейп-файла прописана система координат, совершенно не означает, что координаты объектов в этом шейп-файле находятся в указанной системе координат.
1. Сделайте копию шейп-файла.
2. Удалите описание системы координат у шейп-файла.
3. Добавьте шейп-файл во фрейм данных "базовую карту"
4. Добавьте шейп во фрейм данных.
5. Попробуйте изменить систему координат у фрейма данных.
6. Приблизьтесь к экстенту шейп-файла.
7. Если параметры СК фрейма совпадут, то объекты "лягут" на место.
8. Если не "легли" - повторяйте п.п. 5,6,7