Здравствуйте! Можно обрезать пакетно, собрав модель с итератором в ModelBuilder.
На выходе инструмента Clip указываете переменную %Name%, чтоб названия вырезанных файлов совпадали с названиями исходных, также можно изменить имя, например %Name%_clip...
Сделайте входные и выходные значения как параметры модели и тогда в будущем у вас будет законченный собственный инструмент для пакетного вырезания.