Связь многие-ко-многим реализуется обычно через кросс-таблицу.
Ваша задача решается или двумя "простыми" отношениями один-ко-многим, описанным для каждого класса в одну сторону. Реализовать такое можно или на уровне "проекта" в ArcMap или на уровне базы геоданных.
https://desktop.arcgis.com/ru/arcmap/latest/manage-data/relationships/deciding-between-relationship-classes-joins-and-re.htm
Или "сложным" классом-отношением многие-ко-многим.
Во втором случае ArcGIS сам создаст кросс-таблицу в базе геоданных, но правильное её заполнение останется за Вами.
Какой из вариантов Вас устроит при работе сервиса и приложения на портале - пока сами не попробуете не узнаете.