Для целей предоставления доступа к удалённым данным локальной учётки существует команды cmdkey и net use.
Ну или можно создать на файл-сервере такую же локальную учётку с таким же паролём и дать ей доступ как на локальные папки и файлы, так и на "сетевую" папку.
http://help.arcgis.com/en/arcgisserver/10.0/help/arcgis_server_dotnet_help/index.html#/Common_problems_and_solutions/0093000001mq000000/
"If my data is on a machine that does not have ArcGIS Server installed, how can I give a local SOC account permissions to it?
Occasionally, the situation may arise that your data is on a machine with no components of ArcGIS Server installed and you are following the recommended practice of using local accounts for the SOC account. You will need to use the operating system tools to create a local SOC account on the machine containing your data. Create a local account on the machine hosting your data and assign it the same name and password as the SOC account on all the other machines in your deployment. The GIS server will then be able to recognize that it has permissions to access your data."
Если же хочется доменную учётку - выполняйте postinstall.
http://help.arcgis.com/en/arcgisserver/10.0/help/arcgis_server_dotnet_help/index.html#/Configuring_a_one_machine_deployment/0093000000m6000000/
http://help.arcgis.com/en/arcgisserver/10.0/help/arcgis_server_dotnet_help/index.html#/Configuring_a_multiple_machine_deployment/0093000000m7000000/
См. раздел "Run the postinstallation".
Предварительно нужно представлять, что такое учётные записи ArcGIS Server:
http://help.arcgis.com/en/arcgisserver/10.0/help/arcgis_server_dotnet_help/index.html#//0093000000p7000000
