Спасибо за ответ.
Скопируйте 3 "неправильных" проекта к себе на локальный диск и попробуйте открыть.
Если документы не открываются, то значит их кто-то не удачно сохранил.
Можно попробовать их восстановить утилитой "C:\Program Files (x86)\ArcGIS\Desktop10.5\Tools\MXDDoctor.exe"
Пробовали, нет результата. MXDDoctor, нет в версии 9.3.
Ну и по второму вопросу, таких настроек нет в версии 9.3