Как-то у Вас всё сложно :)
Особенно мне нравится пункт "в его свойствах также указываю параметры своей СК".
Проецирование выполняется когда известны параметры входной и выходной СК.
Т.е. для начала нужно установить растру исходную СК, если она не задана.
В вашем случае я так понимаю это "проекции Mercator WGS 84".
А потом просто выполнить инструмент:
Проецировать растрИнструменту в параметрах указать требуемую выходную СК, а такжерасположение и формат выходного растра.
Т.е. если нужен tif, то явно так и написать rastr.tif