Вы должны понимать, что "физически" вырезать ячейки внутри растра нельзя.
Но можно присвоить этим ячейкам "нужные" значения.
Самый простой случай - присвоить им NoData.
Сделать это можно той же командой Clip.
Но нужно правильно выдать ей параметры.
Сначала создаете полигонс "дыркой" внутри.