В целом, осуществимо, но не для конкретно вашей задачи.
В новом настольном продукте ArcGIS Pro (часть десктопа, отдельно покупать не нужно, положено всем с десктопом на текущей техподдержке) появилась прозрачность цвета. Благодаря этому появляется прозрачность объектов друг относительно друга, внутри одного слоя.
Но, к сожалению, продукт новый, и в нем пока еще нет возможности показывать точки с помощью диаграмм.
