Интеграция бывает разных уровней:
http://server.arcgis.com/ru/portal/10.3/administer/windows/about-using-your-server-with-portal-for-a...В зависимости от уровня интегрции Вы что-то теряете, а что-то получаете.
Вы можете не интегрировать ArcGIS Server с порталом. А просто регистрировать на нём свои сервисы. Тогда у Вас будет полностью привычное администрирование ArcGIS Server. При этом Вы можете дажеиспользовать одно и тоже внешнее хранилище ролей и пользователей дляпортала и сервера.Зарегистрированный на портале сервис может быть "закрытым" для всех пользователей, но для пользователей портала быть "открытым". Для пользователей снаружи будет два разных url для портала и сервера.
Если Вы включили интеграцию (Federating a server), то управление сервером переходит порталу. Вы можете "расшарить" ресурс портала для анонимных пользователей, в том числе и сервисы. Но "стучаться" к ним нужно через urlпортала.
http://server.arcgis.com/ru/portal/10.3/administer/windows/administer-a-federated-server.htmhttp://server.arcgis.com/ru/portal/10.3/administer/windows/connecting-the-arcgis-server-services-dir...Третья степень интеграции - размещающий сервер (hosting server). Сервер будет выступать в качестве "хранилища" сервисов объектов (feature-services)и кэшированных карт, которые могут загружать пользователи портала. Такой сервер полностью встраивается "внутрь" портала и управляется только с помощью средств портала. Для него рекомендуется развертывать дополнительно ArcGIS Data Store.
http://server.arcgis.com/ru/portal/10.3/administer/windows/what-is-arcgis-data-store.htm