Готового инструмента для векторной трансформации в ArcToolbox нет.
Есть готовый инструмент только для трансформации растров.
Сама векторная трансформация выполняется в сеансе редактирования.
Т.е. предполагает визуальный контроль оператора за процессом.
Вы в одном сеансе можете выполнить одинаковую трансформацию сразу для нескольких источников данных.
Но для того, чтобы автоматизировать процесс различных трансформаций для разных источников - придется или воспользоваться модулем DataInterOperability (его ещё нужно будет изучить), или искать готовый сторонний инструмент, или кодировать самому.
Кодироватьможнои на питоне.
Но придется или самому считать афинное преобразование, или искать готовую библиотеку.
http://toblerity.org/shapely/manual.html#affine-transformations