Растр в ArcGIS может "открываться" в любом масштабе :)
Вопрос только в том - как он привязан и какая система координат ему определена.
HDF - на низком уровне формат файла для хранения научных данных.
https://www.hdfgroup.org/products/hdf4/whatishdf.htmlКоторые не обязательно должны быть "картографическими".
Поэтому ArcGIS позволяет Вам только посмотреть его содержимое (и то только если там есть растры)и конвертироватьсодержимое в другой формат для дальнейшей обработки.
Как Вы его будете обрабатывать - зависит как от содержимого файла, так и от конечной задачи.
Вот, например, набор бесплатных инструментов для работы с морскими экологическими данными:
http://mgel.env.duke.edu/mget/Там в том числе есть инструменты "пакетной" конвертации из HDF.
Скачивайте, читайте - может частично это Вам поможет.