Персональные базы геоданных (*.mdb) не поддерживаются в ArcGIS Pro, все верно.
Вот список форматов, с которыми работает ArcGIS Pro:
https://pro.arcgis.com/en/pro-app/help/projects/overview/supported-data-types-and-items.htmВ результате, так или иначе нужно будет переносить данные из MDB в файловую БГД или SDE. Можно в стандартном ArcGIS Desktop, как вы написали.
Esri предлагают такой вариант решения:
https://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/tool-errors-and-warnings/tool-errors-and-warnings-0... (но он в этой версии, к сожалению, не работает, инструмент импорта все равно не видит персональную базу). Думаю, стоит проверить эту схему в следующей релизе, ожидаем его к маю.