"Есть ли у АркГис стандартные инструменты которые моделируют зоны наводнения." - "готовой" кнопки нет.
"Можно ли это cделать с помощью ArcHydro tools?" - с помощью инструментов гидрологии можно сделать всё что описано здесь:
http://resources.arcgis.com/ru/help/main/10.2/index.html#//009z0000004w000000http://resources.arcgis.com/ru/help/main/10.2/009z/009z0000005m000000.htmДля моделирования "затопления" нужна "гидрологически" корректная модель поверхности.
Создать её можно с помощью:
http://resources.arcgis.com/ru/help/main/10.2/index.html#//009z0000006s000000Далее самый простой (т.е. ручной) способ получить зону затопления - вручную добавить в эту модель поверхности "плотину", которая перекроет вытекающий потоквкакомлибоместе поверхности.
Потом выполнить "заливку" этой поверхности:
http://resources.arcgis.com/ru/help/main/10.2/index.html#/na/009z00000061000000/И вычесть полученную "залитую" из исходной.
Разница и будет "зоной" затопления.
У неё будет и площадь, и объем.
Если нужно что более "навороченное", то см:
http://www.introgis.ru/products/spring_high_water/index.php"И если инструменты встроенные в AркГис которые моделируют подземные воды?" - есть:
http://resources.arcgis.com/ru/help/main/10.2/index.html#//009z00000045000000Как видите эти инструменты невыполняют гидродинамических илигидромеханических расчетов.
Но если Вы умеете их выполнять, или у Вас есть дополнительныеинструменты для такогомоделирования, то "визуализировать" результат - это уже дело простое.