Что такое Builder мне прекрасно известно.
И работает он с защищенными сервисами,толькоиспользуя аутентификацию ArcGIS Server.
Т.е. с аутентификацией на основе токенов.
Сами пользователи при этом могут быть доменными, т.е. Вы их можете брать из своей Active Directory.
Но пароль в приложении придется вводить.
Авот если Вам нужен другой способ аутентификации - то подвозите ядра и порох :) .