Попытайтесь уточнить термины.
"полигоны(не сопряжены друг с другом)" - т.е. это не "cоставные" они же многоконтурные (multipart) полигоны?
http://resources.arcgis.com/ru/help/main/10.1/index.html#//010200000034000000Тогда "Полигоны объединены" не совсем правильное утверждение.
"при выделении одного, выделяются еще несколько" - это будет происходить, если у Вас в одном классе пространственных объектов полигоны наложены один на другой, т.е. они просто пересекаются. И "разъединить" их - это значит найти и выделить пересечения, а затем скопироватьнужные полигоныв нужной Вам последовательности в другой класспространственных объектов.
Готового "инструмента", который по нажатию одной кнопкойвыполнит эту задачу нет. Вам придется подбирать самому нужную последовательность действий - выделение объектов по атрибуту или пространственным запросом,а затем экспорт выделенного.