Аналогичный результат проявляется при экспорте в любые другие форматы, поэтому непосредственно с jpeg это не связано.
На данный момент помогает - перенести "дефектный" слой в пустую карту, удалить слой в исходной и перенести из пустой обратно. Несмотря на обсурдность механизма, он работает.
Также есть подозрения что виновата маска, которой закрываю территории за границами.