Не знаю в чем была проблема. Я просто взял и перецифровал те места в линейной теме, которые при перегоне в полигоны смещались в спроецированном виде, и все стало нормально............чудеса какие то......
Спасибо тем, кто пытался мне помочь.
Причем это были просто прямые, а по новому оцифровал я их дугами.
Скорее всего, чем меньше точек на линии, тем менее точно получаются полигоны.