Я тут разобрался немного, сложность вот в чем, линейный шейп создан в географических координатах. Вид в ArcMap спроецирован в прямоуголные координаты. Получаемый полигональный шейп, в спроецированном виде, отображается не точно, некоторые границы полигонов смещены относительно линейных.