В зависимости от того, по какому принципу хотите разделять на отдельные файлы - разные инструменты.
Как я понял - обратная задача Dissolve. Есть инструмент для этого -
http://resources.arcgis.com/gallery/file/geoprocessing/details?entryID=37AEB018-1422-2418-A036-CA6D9920F808. Укажите поле, по которому полигоны будут экспортироваться в отдельный класс. Например, если есть класс полигонов 10 округов области - можно создать 10 шейп-файлов или классов объектов БГД, каждый из которых будет содержать по одному округу с уникальным именем.
Та же задача решается с помощью новых в 10-ке инструментов в ModelBuilder - Iterate Feature Selection.
http://help.arcgis.com/en/arcgisdesktop/10.0/help/index.html#//00400000000s000000.htmЗдесь есть "пошаговые" инструкции, как создать свою модель, которая будет делать то же самое, что и иснтрумент, ссылку на который я привел выше.
http://resources.arcgis.com/gallery/file/geoprocessing/details?entryID=1D0B467A-1422-2418-88B2-2F32E993AFE8