Файловая бгд - это файловая база геоданных.
mdb - это "персональная" :).
What_is_a_file_geodatabase
What_is_a_personal_geodatabase
В исходном SDE исправить плохую геометрию не получиться.
Теоретически объект можно найти и удалить или даже заменить - но для этого Вам нужно хорошо знать, как он хранится внутри Вашей СУБД.
А вот в исправить объект в shape-файле, или в файловой БГД (как и в персональной) можно легко инструментами.
Проверить геометрию:
Check_Geometry
Исправить геометрию:
Repair_Geometry