ArcGIS всегда овместим сверху вниз. Т.е. более новый клиент может работать со старым сервером. Но всегда наооборот. Работать будет только та функциональность, которая есть у старого сервера. Т.е. в Вашем случае всё новое, что появилось в базе геоданных 9.3.1 работать не будет. Но всё что было в 9.2 должно работать.