Вы определитесь всё-таки где Вы храните и кому даете доступ. Если каждый пользователь должен всё хранить у себя в "столе" и никому не давать, то причем тут веб и интернет?
Если речь идет об Intranet - то пишите своё приложение по образу
http://www.arcgis.com закрывайте его от внешней сети и работайте внутри.
Если нужно часть закрыть, и пользоваться при этом внешними "открытыми" сервисами - организовывайте дополнительные механизмы защиты (proxy, https и прочее).
Но для начала нужно определиться с потребностями.