У нас такое же было на днях.
Помогло включение пользователя ArcGISWebServices в группу локальных админов. Видимо, можно было просто разрешить этому пользователю локальный вход в систему.
Кому-то, судя по интернетам, помогает удаление этого пользователя и запуск пост-инсталла сервера.
Кому-то помогает пересоздание ArcGIS Server instance через утилиту AddInstance.exe. Смотрите ссылки.
Всё это, к слову, не имеет отношения к Flex viewer. У вас ArcGIS Server не работает вообще. Обращайтесь в техподдержку.
http://support.esri.com/en/knowledgebase/techarticles/detail/37427
http://support.esri.com/en/knowledgebase/techarticles/detail/36756
http://forums.esri.com/Thread.asp?c=158&f=1702&t=233637