но администрировать сервисы через web-приложение ArcGIS Server Manager он не может (а так же создавать приложения) так как не входит в группу администраторов операционной системы. Об это написано и во всех руководствах.
Администрировать сервисы он может. А вот создавать веб-приложения не может. Так это написано во всех руководствах.
Создание приложений в ArcGIS Server Manager 9.3
ArcGIS Server for the Microsoft .NET Framework: The login requires an account from the agsadmin group on the server object manager (SOM) machine and the Administrator group on the Web server machine. This is so Manager has write privileges for creating new Web applications. If you use an account that is not an Administrator on the Web server, you'll be able to log in to Manager, but you won't be able to manage Web applications.
Вход в ArcGIS Server Manager 10
When you open Manager, you will be prompted to log in. You must use an account that is:
A member of the agsadmin group on the server object manager (SOM) machine.
A member of the agsusers group on any machines to which you will make an ArcGIS Server local connection.
A member of the Administrators group on the Web server machine (only required if you will be using Manager to create Web applications).
Дайте ГИС администратору возможность создавать приложения на другой машине (хоть на своем десктопе), а потом пусть системный администртор сам публикует их на "секретном" сервере.