Для полигональных слоев я в таких случаях поступаю так:
1.Создаю слой состоящий из одного большого прямоугольника, который больше экстента прверяемого слоя.
2.Делаю clip проверяемым слоем (тот что в меню Editor) или Erase в Toolbox.
3.В "обрезаном" слое делаю Explode.
4.Открываю таблицу этого слоя и поледовательно прохожу получившиеся полигоны, они соответствуют "дырам" в исходном слое.
Но можно выловить и построением топологии с правилом "Must Not Have Gaps".