но в этом случае "ненужные" полигоны все равно прийдется удалять вручную.
если граница РФ замкнутая, то из нее можно построить полигон (
Feature to Polygon) и воспользоваться таки инструментом Clip. или, если это только фрагмент, то условно достроить границу РФ так, что бы получился полиогон вмещающий необходимые данные, и снова Clip.