ДевятыйУ FeatureLayer есть FeatureClass, у него Search, один из параметров QueryFilter.
В вашем случае нужен SpatialFilter, имеющий Geometry - определяющий геометрию запроса (Point, Polyline, Poligon и т. д.) и SpatialRel определяющий геометрическое отношение (Пересечение, включение и т. д.).
Если вы задаёте координаты точкой, то для выборки может имеет смысл задать буфер (полигон, обрамляющий геометрию с заданным отступом) Point, Polyline, Poligon поддерживают ITopologicalOperator, который позволяет задать такой буфер.
Search возвращает IFeatureCursor содержащий (или нет) попавшие Feature по пространственному критерию (можно использовать дополнительную выборку по значениям полей FeatureClass). Доступ к Feature по IFeatureCursor.NextFeature
Читайте SDK или
или он же SDK на сайте