Nickolaich, вы используете не тот инструмент.
Точнее, тот, но не для тех целей.
Auto Complete Polygon - это для "пристыковки" полигона к уже существующему. Поэтому, когда вы рисуете самостоятельный полигон и замыкаете его на самое себя, - вполне резонно, что ничего не сохраняется.
Используйте Polygon.
А лучше - почитайте Справку и используйте
Auto Complete Polygon - правильно ))