1. У меня тоже нет :). rest - это приложение. rest/admin - это (если упрощенно) вызов приложения с параметром. Если Вы не устанавливали дополнительных параметров безопасности, то приложение должно работать.
2. И приложения и сервисы должны остаться. Но на всякий случай сохраните папки:
"C:\Program Files\ArcGIS\Server10.0\server\user\cfg\" - настройки сервисов
"C:\Program Files\ArcGIS\Server10.0\server\system\" - настройки сервера
Приложения, скорее всего, лежат в C:\inetpub\wwwroot\, если Вы сами не меняли путь при установке IIS и приложений.
Если у Вас построен кэш, то папку с кэшем, лучше переименовать ДО выполнения процедуры пост-инсталляции.
После выполнения, её можно переименовать обратно.
3. Доступ через web - это публикация файлов и приложений с помощью веб-сервера (создание виртуального каталога и установка ему правильных прав и свойств).