Первое, что приходит в голову - создать специально настроенный QueryFilter, в который запихнуть пространственный запрос.
Т.е., создаём пространственный запрос (вернее, даже 2 запроса), где нас будут интересовать слой точек (1-ый запрос) и слой горизонталей (2-ой запрос). При этом нас будет интересовать отношение пересечения. Как я понял, с определением пересечения горизонталей (2-ой запрос) у автора топика проблем нет. Значит, осталось определить нужные нам точки из соответствующего слоя. Для это можно тупо построить промежуточный буфер от линии сечения и потом уже определить пересечение этого полигона (1-ый запрос) со слоем точек.