Слой в терминах ArcGIS это то, что присутствует в таблице содержания в ArcMap, или файл на диске с расширением lyr. Удаляется просто или правой кнопкой мыши на слое->удалить, или если это файл - любым доступным Вам способом.
Если Вам нужно удалить класс объектов в базе геоданных, зарегистрированный как версионный, то корректно он удаляется с помощью ArcCatalog (ArcToolBox) владельцем этого класса объектов, при отсутствии блокировок другими пользователями.
А если Вам нужно просто дерегистрировать класс как версионный (отменить версионность, но оставить класс) и не потерять изменения, то сначала нужно выполнить компрессию базы геоданных.
http://webhelp.esri.com/arcgisdesktop/9.3/index.cfm?TopicName=Compress_(Data_Management)
Желательно убедиться, что все изменения перенеслись в базовую таблицу. А потом выполнить команду:
http://webhelp.esri.com/arcgisdesktop/9.3/index.cfm?TopicName=Unregister_As_Versioned_(Data_Management)
