Объясняю. Вам надо перебрать все слои, так?
При переборе, первым делом для каждого слоя надо проверить, есть ли у него необходимое поле (по которому будете строить запрос). С помощью FindField("поле").
Если поля нет - переходите к следующему слою.
Если поле есть, то формируете запрос (WhereClause = "Поле = значение"). Вызываете метод Search и в цикле перебираете результаты:
http://resources.esri.com/help/9.3/ArcGISDesktop/ArcObjects/esriGeoDatabase/IFeatureClass_Search.htm
Если вызывать Search с некорректным запросом (например запрос к слою, у которого нет необходимого поля), то будет выброшено исключение. Отсюда и проверка.