Когда-то решала такую задачку в MB.
Но там было много прочих нюансов, поэтому, забудем про MB и просто - как выделить "дырки".
1. Feature to Polygon - получаете старые полигоны + дырки. Все без атрибутов
2. Spatial Join - с исходными полигонами. Все, что остается без атрибутов, - это и есть ваши дырки
3. Select (или любая другая альтернатива, коих с десяток) - выкидываете в новый слой дырки
UPD: Вспомнила, Spatial Join все же был актуален для MB, а тут можно просто сделать выборку по расположению