наблюдается неправильная работа "Select by Location". В развитом проекте что-то мешает процедуре находить/выделять точечные объекты правильно, в охвате прямоугольника. В чистом проекте, где заново подгружены эти два слоя (точки и полигон) все вроде бы работает верно, выделяются все объеукты. Какие могут быть подсказки, куда копать? Что может мешать?
Картинка номер один, выделение в рабочем проекте - не все точки. Синяя в центре и черная звездочка внизу не охвачены. Лишние остальные слои из проекта удаляли, ошибка остается, где-то она в настройках проекта видит.
картинка номер два, как должно быть (получена в пустом, чистом проекте) - выделились все точки. Собрать проект заново, понятное дело, не представляется возможным, иначе б не спрашивали. Ошибка очень неприятная, ибо может сработать автоматически, а ты и не заметишь.