А как Вы выполняли "обновление версии с временной на стандарт"?
И что пишется в журнале %SDEHOME%\etc\sde_esri_sde.log?
Чтобы правильно зарегистрировать новую лицензию, нужно выполнить заново пост-инсталляцию. На первой закладке мастера выбрать custom.
На второй оставить только пункт "Autorize ArcSDE".
Потом правильно указать подключение к базе.
Эту же процедуру можно выполнить командой "sdesetup.exe -o update_key"
Лицензия прописывается в служебной таблице SDE_server_config в базе геоданных. И сервис при каждом старте её читает.