Самый простой способ без написания кода делается в четыре шага:
1. Создаете в классе объектов числовое поле
2. Всем объектам присваиваете 1.
3. Выполняете команду ArcToolBox->Управление данными(Data Management Tools)->Генерализация(Generalization)->Слияние(Dissolve). Команда уберет границы между соседними (перекрывающимися) полигонами. В качестве поля для слияния укажите созданное числовое поле.
4. Выполните команду ArcToolBox->Анализ(Analysis Tools)->Наложение(Overlay)->Пространственное соеденение(Spatial Join). Целевые объекты - класс после слияния, присоединямые объекты - исходный класс. Параметр сопоставления CONTAINS.
В выходном классе объектов получите число присоединившихся объектов. Если оно больше 1, то исходные полигоны пересекались. Далее думаю сможете выделить, то что Вам нужно.
Эту же задачу можно решить, написав правильное выражение на VBScript в калькуляторе. Но для этого нужно знать как писать такие выражения, да и сами объекты ArcObjects придется изучить.
Примеры можно посмотреть тут:
http://arcscripts.esri.com/details.asp?dbid=12224