Опубликовать Вы можете только проект ArcGlobe (.3dd). Проекты ArcScene не публикуются стандартными средствами ArcGIS Server.
Клиентом 3D-сервиса является ArcGIS Explorer.
А параметры проекции можете просто подобрать - если территория не очень большая можно использовать локальную проекцию.
Локальная проекция
Просто выставляете примерную широту-долготу Вашей местности и выравниваете сдвигом, азимутом и масштабным коэффициентом:
Проекция:Local
False_Easting: 2.000000
False_Northing: -2.000000
Scale_Factor: 1.000000
Azimuth: 0.000000
Longitude_Of_Center: 57.500000
Latitude_Of_Center: 55.667000
Линейные единицы: Meter
Для отображения на глобусе этого будет достаточно.