у меня выделяется только 1 объект внутри слоя ..
pFeatSel.SelectFeatures pSpFilter, esriSelectionResultAdd, True
Посмотрите описание метода, а конкретнее - что задает последний параметр (который у вас "True").
походу 2-й вопрос, как измерять расстояние между точками, может есть готовая функция...?
Интерфейс IProximityOperator.