Так оказалось что имеются в одном шейп-файле перекрывающие друг друга одинаковые полигоны, один из которых необходимо убрать, для того чтобы не было лишнего подсчёта площадей.
Пробывал использовать инструменты ArcToolbox группы Analysis Tools/Overlay, не помогло.
Подскажите, пожалуйста, как убрать эти дублированные полигоны?