Установка цвета фона не помогает - по прежнему в рабочем окне ArcGis всё правильно выглядит - прозрачным, а после печати залито белым цветом. Заметил что эта проблема возникает при наложение любого растра - высотного или изображения, причём в двух случаях и в том случае если перекрывающая область содержит значения нет данных, и в том случае если растр обрезан с помощью - Свойства фрейма данных/Фрейм данных/Выерезать по форме, как выше на картинке обрезан космический снимок полигоном по урезу воды.