Насчет скважин инклинометрии было не раз
вот, например. В общем вопрос построения 3D линий так или иначе решается, даже без скриптов.
Насчет визуализации - не раз обсуждали сложности построения блок-диаграммы. Сырой остаток - в Arc детальную трехмерку строить непросто, а оформлять замучаешься. Последнее по силам сложившимся разработчикам, с продуктами проверенными на рынке. Если говорить за отеч. штуковины, то у нас таких немного, и все с теми-иными но. Для начала
поглядите что наваяно Датаистовцами - Well Tracking итд, ну и Хронусовым/Барским - Slice3D еtс. Я не фанат отеч. продукции, предпочитаю сам на коленке, но выглядят симпатично, стоят недорого и на все есть триалы.
Из забугорного поиском по теме находится
вот - не знаю не пробовал.