Есть вариант на виртуальную машину поставить.
Для себя, в принципе, такой вариант подходит, но мы свои приложения на базе ArcGis Engine 9.3 распространяем в другие организации, где не редкость установленный ArcGis Desktop 9.2.Писать в технических требованиях , что версии ArcGis Engine и ArcGis Desktop должны быть согласованы не совсем корректно, т.к. продукты-то всё же разные, хоть и одной фирмы.Им нет резона апгрейдивать ArcGis Desktop до версии, которую мы используем.Может есть какой-то патч бесплатный, который позволяет обойти это ограничение?Или может ArcGis Engine 9.3.1 продукты 9.2 уже не мешают?